第三節 帝國機構、皇帝和邦君 一、帝國權力機構
2024-10-09 05:24:01
作者： 王亞平，孫立新，劉新利，邢來順 等
自1495年帝國改革以來，選侯會議、帝國等級會議、帝國行政區、帝國大區會議、帝國代表會議和帝國最高法院等機構，逐漸成為凌駕於各邦國之上的神聖羅馬帝國常設權力機構，儘管維持維艱，效率低下，但直到17世紀初，大都能夠正常運轉，甚至有所鞏固和加強。
選侯會議在選舉國王和皇帝（如1558年費迪南二世當選，1562年馬克西米連二世當選，1575年魯道夫二世當選）、制定一般性帝國政策（如1567年的軍備控制、1572年的土耳其同盟）等方面發揮了重要作用。
在1556年教派對等原則確立後，選侯集團的權威性擁有了一種特殊意義。三位天主教選侯（美因茲大主教、科倫大主教、特里爾大主教）對三位福音教選侯（薩克森公爵、布蘭登堡馬克伯爵、普法爾茨邦國伯爵），票數相等，這一點在雙教派的帝國十分重要。選侯集團的仲裁唯有超越教派差別，才能為其他帝國等級和一般臣民所認同。大多數選侯也深曉此理，儘可能地採取不偏不倚的態度。只是由於普法爾茨選侯後來接受了具有明顯歸正宗特色的福音教之後，教派問題才又開始突出出來。此時，同屬福音教的信義宗與歸正宗之間的對立，一點不亞於福音教與天主教之間的對立，甚至有過之而無不及。然而，選侯們很少單獨開會議事，他們完全可以憑藉特有的優先權、雙教派性和政治協調性，在帝國等級會議、帝國大區會議和帝國代表會議（Reichsdeputationstagen）上發揮決定性影響，主導大政方針。
帝國等級會議是一個立法機構，主要討論諸如維持國內和平、對外戰爭、貨幣和稅收等現時問題。開會程序與1495年以來形成的模式別無二致，新出現的僅僅是嚴格的分院議事：選侯、諸侯和城市代表在自己所屬的院內進行討論，各院獨立做出決定，只在涉及鑄幣、公布帳目、陳情申述和最後修訂帝國決議諸問題時，才共同組建專門委員會進行協商。在1556—1582年，帝國等級會議總共開過六次，時間分別是1556—1557年、1559年、1566年、1570年、1576年和1582年，這些會議總體上說富有成果，比較順利地通過了一些決議。而在1608年的雷根斯堡帝國等級會議上，教派衝突再次爆發，信奉加爾文教的普法爾茨選侯弗里德里希四世（Friedrichs IV. ，1574—1610）用武力驅散了參加帝國等級會議的代表，致使帝國等級會議這個最重要的帝國立法機構陷於癱瘓，帝國中央政府長期無法正常工作。
帝國大區在1555年以後的十年間逐漸成型，直至帝國終結，其基本結構都未發生重大變化。根據1555年奧格斯堡帝國等級會議通過的《帝國執行條例》，帝國大區建立了一個執行委員會，負責維持國內和平，而其可倚重的主要力量則是各地諸侯的武裝部隊。帝國大區會議（Reichskreistag）自1542年組建抵抗土耳其入侵軍隊起才成為經常召開的集會。它在1544年開始討論修訂帝國名冊事宜；1551年討論鑄幣問題。自1560年起，大區的作用越來越重要，特別是在鑄幣方面，各大區相當認真地發揮監控和管理功能。後來，大區代表也出現在帝國等級會議上，他們在一個全體會議中擁有與諸侯相同的表決權，並且按照多數原則作出決定。
與此同時，在各大區中存在著一種強化政治和行政管理體系的努力，各種各樣的集會：大區高層會議、大區成員會議、大區部分成員會議和大區全體成員會議，年復一年地頻繁舉行。在關稅和鑄幣監管方面，也在治安方面，有幾個大區已發展成為自我管理體了。但是各大區的發展很不平衡。在巴伐利亞大區和上薩克森（Obersachsen）大區，各項大區任務，可以依靠勢力強大的邦國政權比較有效地完成。施瓦本和弗蘭肯也擁有可實施軍事打擊行動的大區組織，但在上萊茵、下萊茵—威斯伐倫和下薩克森大區，相關組織和行動仍停留在計劃層面。萊茵選侯大區就更少行動了，它被萊茵選侯會議和一般選侯會議覆蓋。包括西班牙屬尼德蘭的勃艮第帝國行政區和奧地利沒有成立獨自的大區組織，但卻派遣代表參加大區代表會議，並由此參與了維持國內和平事務。
但是總的說來，帝國大區維持和平的能力仍然十分有限，大區可以彈壓兵匪搶劫或農民起義，也能夠執行帝國最高法院的部分判決，但要在大規模的戰爭中對抗數千名僱傭兵，卻是力所不逮。這些戰爭販子的首領大都是帝國等級，只要不以皇帝和帝國為敵，他們就可以自行與外國建立軍事和政治聯盟。這就使得帝國國內事務經常與國際政治糾纏在一起，牽一髮而動全身，使國內戰爭演變為國際戰爭。
1555年以後，按照執行條例集體處置破壞國內和平案件的帝國代表會議也逐漸發展成為一種全國性集會，並且既代表帝國等級的利益，又代表著帝國大區的利益。但因各方利益分歧較大，帝國代表會議經常沒完沒了地爭執，難以達成一致意見，發揮重要作用。
帝國代表會議內設兩個院，一個是有6位選侯參加的選侯院，另一個院最初由來自所有帝國大區的10位諸侯（奧地利大公、維爾茨堡大主教、明斯特大主教、巴伐利亞公爵、於利希公爵、黑森邦國伯爵、施瓦本高級教士、施瓦本伯爵以及帝國城市紐倫貝格和科倫）組成，自1571年起由來自所有帝國大區的14位諸侯（前10位諸侯加上勃艮第公爵、康斯坦茨主教、不倫瑞克—呂內堡公爵和波莫瑞—斯德丁公爵）、伯爵和城市代表組成。
帝國代表會議曾在1545年、1551年、1557年和1567年召開過修訂帝國名冊中帝國等級納稅額的會議，目的在於公平攤派帝國稅，確定實際納稅義務。帝國代表會議還在1557年和1560年召開過帝國最高法院的司法會議，主要討論帝國最高法院工作條例和人事安排。然而，無論是修訂會議還是司法會議，其成效都極其有限；交稅較少的帝國諸侯，首先是薩克森選侯和巴伐利亞，極力阻攔任何變動。直到1577年，帝國代表會議才對1521年的《帝國名冊》作了少量修改，而修改後的名冊一直應用到帝國終結之際。
自1566年起，土耳其稅幾乎年年徵收，成為一種常規的邦國稅。對於土耳其稅，邦國等級和普通民眾幾乎從未懷疑過其合法性。人們完全相信皇帝和諸侯宣傳的「土耳其危險」的可怕性，徵稅工作因此得以比較順利的進行。其他稅收就截然不同了，諸如用於派遣公使的經費、維持和平的費用或者援助利沃尼亞抵抗俄羅斯入侵的費用，都很難如數徵收上來，有的甚至根本無法徵收。即使帝國等級會議做出了決定，帝國財政官也有權對抗稅者宣布帝國禁令，偷稅、漏稅，甚至從不繳稅者，仍大有人在；帝國禁令多半未被認真執行。
自1548年《帝國最高法院條例》制定以來，帝國最高法院便落戶在遠離皇帝宮廷的施佩耶爾。只有最高法官和法院主持，以及兩位陪審員是由皇帝任命的，其他工作人員均由帝國等級所決定。法院辦公廳隸屬於美因茲大主教領導，後者還從1557年的司法會議上獲得更多的控制權。帝國等級通過繳納專項稅款資助該法院，這一資助在1555年以後是比較有保障的。同樣得到保障的是每年5月舉行一次的皇帝—等級視察委員會會議事宜，其目的是審查法院工作，審理對抗判決的修正案。儘管如此，人員不足、案件堆積、書面程序緩慢和判決執行困難依然在很大程度上制約著帝國最高法院的工作。
《帝國最高法院條例》在1555年奧格斯堡帝國等級會議期間得以修訂，據此，除了天主教和以《奧格斯堡信綱》為基準的路德教，法官（陪審員/評審員）不可以信奉任何其他宗教，這就將加爾文教徒完全排除在外了。在此基礎上，帝國等級會議又在1559年確立了適用於帝國最高法院的「教派對等」原則，即在審理宗教案件時，合議庭應由天主教和路德教兩教派法官組成，且各教派的人數完全相等。這一制度直至1580年都得到了嚴格執行，表決權的公平和平等也由此獲得了較大保障。
為了提高工作效率，減輕現有工作人員的壓力，法官人數在1558年24人的基礎上增加了16人，1566年再增加8人，1570年最終確定為41人。此外，帝國等級會議還在1570年減少了案件數量，其方法是將上訴費從50弗羅林上調到150弗羅林。1570年和1586年的帝國代表會議則對審判日期進行了壓縮，目的在於使罪犯儘快受到懲罰。
帝國最高法院審理所有地區的訴訟，其判決也對各邦國法院有示範作用，對於帝國的司法統一來說，這樣做是很有必要，也是很有意義的。但自1610年起，帝國宮廷參事院對於帝國事務的干預，使得帝國最高法院遇到了一個強有力的競爭對手，帝國的司法統一也就無法實現了。
通過帝國皇帝費迪南一世，帝國宮廷參事院在1559年4月3日頒布了一個新條例，其中包括在中央當局中常見的合議法。據此，每個案件都由某位工作人員單獨承接，但其最終判決由合議機構的多數表決做出。遇有爭議，則由最高首領定奪（Votum ad imperatorem）。帝國宮廷參事院也負責審理帝國屬義大利的案件，以及行政管理和政府事務。它在司法審判方面與帝國最高法院進行激烈競爭。這兩個法院都審理破壞和平案件、違法案件和上訴案件，但帝國宮廷參事院能夠較快作出判決，與帝國最高法院相比，它較少受到形式上的審訊程序制約。帝國最高法院因為帝國宮廷參事院的競爭而相形見絀，但後者更多地體現了皇帝和奧地利邦國君主的意志而非帝國的整體利益，不能也不想實現帝國的司法統一。另外，在帝國皇帝魯道夫二世統治時期，在20餘名帝國宮廷參事中，天主教徒雖然占絕對多數，但也有幾位是福音教徒，這就說明當時並不存在嚴重的教派褊狹。教派鬥爭大約是在1590年以後才開始激烈起來。因為破壞和平、歸還財產和宗教糾紛而提起的訴訟不斷增加，帝國宮廷參事院的工作非常忙碌，但單純依靠此類司法審判機構也是不能完全解決宗教衝突問題的。
儘管大規模的改革已不再進行，現有的帝國權力機構還是得到了一定程度的強化和鞏固，可以推行一種十分有限的帝國立法、帝國稅收和帝國審判，執行那些超出邦國承擔能力範圍的任務。儘管十分鬆散，帝國各機構的存在仍起到了某種聯繫作用，不同程度地塑造著帝國內部的各種關係。帝國等級會議能夠在保障國內和平、徵收帝國稅、維持帝國行政區和帝國最高法院方面，間接地也在整合帝國伯爵和帝國騎士方面有所作為。帝國稅也加強了帝國對邦國影響，特別是加強了帝國在天高皇帝遠的北方的權威。凡此種種，都對帝國同盟的維持和鞏固產生了積極作用。
然而，這些機構多為帝國等級所把持。帝國等級通過把持帝國等級會議和帝國行政區會議，獲得了更廣泛的參與神聖羅馬帝國政治決策的可能性，能夠在實施執行條例、鑄造貨幣和徵收帝國稅諸方面貫徹自己的意志，限制皇帝的權力，阻止皇帝的獨裁專制。只是剛剛經歷過危機和戰爭的帝國等級大都渴望和平，願意繼續維持帝國同盟，也願意將迄今僅僅停留在決議層面的政策付諸實施。他們不再像以前那樣懼怕哈布斯堡家族的強權，但也不想「完全破壞古老的將要傾覆的帝國大廈」。他們大都願意遵守帝國憲法，履行對皇帝的義務，資助帝國最高法院，維護帝國大區的權威，只是不願意為與自己的利益沒有多大關係的土耳其戰爭掏腰包，反對按照英國或法國的模式把神聖羅馬帝國建設成為一個可能剝奪他們長期擁有的「自由」的中央集權式統一國家。
二、從費迪南一世到費迪南二世
（一）費迪南一世
卡爾五世之後，神聖羅馬帝國不再有任何具足輕重的統治者了，儘管仍然保留著「羅馬人國王」和「羅馬人皇帝」稱號，但王位和皇位已成為純德意志的職位，帝國政治的重心也轉移到了奧地利。從費迪南一世到費迪南二世的歷任羅馬人國王和皇帝儘管大都勵精圖治，但因各種各樣的制約，均未實現加強皇權、重振神聖羅馬帝國昔日在基督教世界風光無限好的統治地位的夙願。
然而，作為位居各邦國之上的帝國統治者和哈布斯堡家族的首領，皇帝也不是完全沒有政治作用的。他雖然不能獨自掌握帝國的命運，但在與奧地利邦國和哈布斯堡家族勢力相結合的情況下，依然擁有超出所有邦國君主的影響力。反過來，奧地利邦國和哈布斯堡家族也因為同皇權的結合而成為帝國乃至整個歐洲最強大的政治勢力之一。哈布斯堡家族的統治者們更善於利用帝國和奧地利的資源為他們自己家族和世襲領地謀利。恰恰憑藉哈布斯堡家族及其世襲領地的力量，皇帝依然能夠在帝國和歐洲事務中發揮一種舉足輕重的作用。
費迪南一世使設有帝國副首相職務的帝國宮廷首相府落戶於維也納，並把馬克西米連一世在1497年建立的、暫時管轄帝國和哈布斯堡家族世襲領地事務的奧地利宮廷參事院改造為帝國宮廷參事院。帝國宮廷參事院管轄的範圍十分廣泛，既包括行政管理事務也包括司法審判事務。它在審理破壞國家和平罪、抗拒法律罪以及其他申訴方面，同帝國高等法院進行競爭，並且因為不像帝國高等法院那樣受制於一種形式上的審理程序，也因為人力、物力比較充足，所以能夠作出更迅速的判決。費迪南還設立了一個類似於顧問委員會的樞密院，負責擬定宮廷參事院或者樞密院的決議。無論是帝國宮廷參事院還是樞密院，兩個機構都不受帝國等級的影響，其成員由皇帝直接任命，皇帝也因此擁有較大的權威，只是這種權威不足以制服整個帝國等級；後者一方面可以利用帝國其他權力機構分享帝國統治權，另一方面也可以依靠各自邦國的勢力與帝國中央政權相抗衡。
費迪南一世還進行了個別改革，例如在1559年頒布帝國鑄幣條例。這些改革同樣沒有從根本上改變帝國政治的等級結構。
對於費迪南一世來說，捍衛對匈牙利和波希米亞兩王國的權力要求是最緊迫的事務。1540年，匈牙利另一國王扎波利亞去世。他的遺孀、波蘭國王齊格蒙特一世的女兒伊莎貝拉·亞蓋洛（Izabela Jagiellonka，1519—1559）依仗土耳其宮廷的支持，使其剛出生不久的兒子扎波利亞·亞諾什·齊格蒙特（Szapolyai János Zsigmond，1540—1571）繼承了父親的全部遺產，稱作匈牙利國王約翰二世（1540—1570年在位）。費迪南想統治整個匈牙利，但因遭到土耳其人的反對未果。
在奧地利，費迪南繼承馬克西米連一世的政策，繼續進行國家建設：制定憲法，培養職業管理員階層，改善各種行政管理機構，加強中央集權和君主統治。他所設立的樞密院、宮廷司庫和宮廷戰爭參事院等一系列官僚機構，為哈布斯堡王朝後來幾個世紀的行政管理奠定了基礎。作為神聖羅馬帝國皇帝的大本營，奧地利的國家建設模式對帝國其他邦國有著重要指導意義。除此之外，奧地利也是當時神聖羅馬帝國唯一一個具有歐洲地位並且擁有廣泛對外聯繫的邦國。
然而，哈布斯堡家族世襲領地的宗教政治局勢也因為福音教的傳播和邦國等級的反抗而變得動盪不安。
在這裡，胡斯戰爭之後，胡斯派雖然遭到了鎮壓，但未完全消失。16世紀20年代新一輪宗教改革運動興起後，路德教同胡斯學說一起流行開來，中世紀神秘主義也得到了廣泛傳播。大批中小貴族和城鄉普通民眾不僅皈依福音教，而且也對屬靈派、唯一神教派、加爾文教和洗禮派學說情有獨鍾。在波希米亞，大部分貴族屬於溫和派胡斯教徒，而在城市居民中，有的人信奉了路德教，有的人選擇了加爾文教；農民當中天主教徒仍占絕大多數，但也有不少人信奉胡斯的學說。在匈牙利，不少貴族為了侵占天主教會財產而支持宗教改革，分別皈依了路德教、加爾文教和唯一神教諸派；唯一神教派又因直接向基督祈禱是否適當的問題而分成更小的支派。在上、下奧地利和內奧地利，形勢也相當嚴峻。大部分教區採用了路德派教義問答，各地等級會議都批准了教徒用兩種形式領受聖餐的禮儀，允許教士結婚。只是在城鎮裡，路德教的傳播受到了一定程度的遏制。
費迪南一世本人是堅定的天主教信徒，極力反對宗教改革，執意在神聖羅馬帝國和哈布斯堡世襲領地全面恢復天主教，但他行事謹慎，不願用暴力手段鎮壓貴族中的「異端分子」，而是以聘任耶穌會士的方式，通過天主教教會內部改革，較為和平地實現天主教復辟。
在彼得·卡尼西烏斯和彼得·帕茲曼尼（Péter Pázmány，1570—1637）等耶穌會士的不懈努力下，的確有一些已經信奉了福音教的波希米亞貴族重新回歸天主教，溫和的胡斯派教徒也在1587年放棄了原先持有的許多主張，只堅持以兩種方式接受聖餐；1593年更進一步地與羅馬教廷講和了。在匈牙利，那些已經獲得天主教會財產的貴族覺得沒有理由繼續支持福音教了，遂轉而支持耶穌會士的反宗教改革活動，他們本人也重新回歸到天主教，驅逐福音教牧師而代之以天主教神甫。
主要出於對他的大兒子和法定繼承人馬克西米連（Maximilian，1527—1576）的宗教傾向的擔憂，費迪南一世在1564年2月25日制定家族條例並立下遺囑，對哈布斯堡家族的世襲領地進行了分割，使他的三個兒子各自領有一部分：馬克西米連獲得下奧地利、波希米亞和匈牙利的統治權；二兒子費迪南獲得了上奧地利[或者說前奧地利，包括松德郜（Soundgau）和布賴斯郜]和蒂羅爾地區；小兒子卡爾獲得了內奧地利[包括施泰爾馬克、克恩滕、克賴因以及以及伊斯特里亞（Istrien）和弗利奧爾（Friaul）等地]。這一繼承法令使哈布斯堡家族奧地利支系再細分為三支，進一步加劇了哈布斯堡家族內部的分裂。從邦國國家化建設角度來說，這一分割是一種嚴重退步，不符合時代發展潮流。哈布斯堡家族的世襲領地從一個基本統一的權力複合體，重新分裂為多個獨立的統治單元，各有一套行政管理機構和等級組織，也分屬不同的教派，這是很不利於哈布斯堡君主國的整體發展的。
在對外政策方面，費迪南一世十分重視與西班牙保持良好關係。鑑於哈布斯堡家族的西班牙國王腓力二世尚未確立接班人，他甚至懷有由哈布斯堡家族奧地利支系接管西班牙遺產的希望。然而，在哈布斯堡家族的奧地利支系和西班牙支系之間也存在著利益衝突。這一點特別體現在位於義大利的帝國屬地問題上。西班牙國王力圖占有這些帝國采邑，在1559年也實際占據了具有重要戰略意義的「堡壘國家」（Stato dei Presidi），即托斯卡納（Toskana）的部分沿海城市和設防城市。費迪南一世並不反對西班牙在義大利的擴張，但當這一擴張觸及到神聖羅馬帝國的領地時，他作為帝國皇帝，臉上總是有些掛不住。
對於法國，費迪南一世僅僅能夠應付挑戰而非主動出擊了。他順從帝國選侯們的意見，放棄了奪回在1552年被法國占領的洛林主教區和城市的計劃。
鑑於繼續存在的奧斯曼土耳其人入侵的威脅，費迪南一世迫切期望帝國等級提供資助，建立一支比較強大的帝國軍隊。雖然在1556—1557年的雷根斯堡帝國等級會議和1559年的奧格斯堡帝國等級會議上獲得了相當可觀的支持，但仍不足以徹底戰勝敵人，收復失地，只能在1562年與土耳其人締結和約，以每年向奧斯曼帝國蘇丹繳納價值3萬弗羅林貢品的代價，保留哈布斯堡家族對匈牙利西部土地的占有。奧斯曼帝國則繼續占據匈牙利東部地區。對於西本彪根，費迪南一世也不得不暫時放棄權力要求。即便如此，匈牙利的局勢仍不穩定。費迪南去世後不久，扎波利亞的後裔便在土耳其人的支持下開始了新的反哈布斯堡戰爭。
費迪南一世繼續實行政治聯姻政策。他將自己的四個女兒嫁給了義大利諸侯，另外兩個女兒先後成為波蘭國王齊格蒙特二世·奧古斯特（Zygmunt II.August，1520—1572）的夫人，女兒瑪麗亞與於利希—克累弗—貝爾格公爵威廉成婚，另一女兒安娜則與巴伐利亞公爵阿爾布雷希特五世（Albrecht V. ，1528—1579）成婚。費迪南一世的大兒子馬克西米連也娶了卡爾五世的女兒瑪麗亞為妻。1562年，在西班牙國王腓力二世放棄了競選神聖羅馬帝國皇帝職位後，馬克西米連被選舉為「羅馬人國王」，稱作馬克西米連二世（Maximilian II.，1562—1576年在位）。同年，馬克西米連又被波希米亞等級選為國王，第二年再在普雷斯堡（Preburg）加冕為匈牙利和克羅埃西亞國王。
1564年7月25日，費迪南一世去世，馬克西米連繼任神聖羅馬帝國皇帝。
（二）馬克西米連二世
馬克西米連二世早年接受過充分的人文主義教育，也曾師從路德的學生沃爾夫岡·席弗爾（Wolfgang Schiefer）；在《奧格斯堡宗教和約》簽訂後的最初幾年裡，又與路德派布道士約翰·塞巴斯蒂安·普福澤（Johann Sebastian Pfauser，1520—1569）過從甚密。馬克西米連二世對路德很有好感，廣泛閱讀福音教作品，拒絕參加按照天主教禮儀舉行的聖餐，反對聖徒崇拜，但並未徹底改宗福音教。一方面他對福音教神學家後來的教義糾紛感到茫然，不知哪一家學說更符合上帝的旨意；另一方面他也面臨來自天主教陣營的巨大壓力。不僅他的父親費迪南一世，而且羅馬教皇和西班牙國王，都對他的宗教傾向表示出極大的不信任。他的王位和皇位繼承權也隨時都有被剝奪的可能。出於對政治前途的考慮，馬克西米連二世最終作出妥協。他在1560年公開宣布自己信仰天主教，同意流放普福澤。他也開始參加天主教教會舉行的宗教活動，只是在教皇的特許下，享有領聖餐杯的特權。
儘管作出了上述妥協，馬克西米連二世還是以《奧格斯堡宗教和約》的捍衛者自居，力爭在相互競爭的各教派之間保持中立，實行適度的寬容政策，克服日益嚴重的宗派主義，防止神聖羅馬帝國進一步分裂。他在1568年9月發布《宗教特許》敕令，允許奧地利邦國等級在同意支付一項高額捐稅的前提下自由選擇宗教信仰；1571年1月又對多瑙河奧地利頒布《保險文書》（Religionsassekuration），允許當地接受了1530年《奧格斯堡信綱》的貴族和騎士不僅可在其城堡內，而且也可在其邦國內舉行新的禮拜儀式。加爾文教徒和城市除外。
福音教徒儘可能地利用這些政策為自己謀求更大的利益，甚至提出了維持現有宗教改革權（jus reform and i）的要求。福音教布道士也積極地在諸侯和教會管轄地區進行活動。在維也納、克雷姆斯（Krems）和其他地方，福音教鄉村學校得以擴建。在上、下奧地利，帶有濃厚等級特色的路德教教會也普遍建立了起來。
與此同時，馬克西米連二世也開始朝著建立國教的方向，對奧地利的天主教會實行改革。1566年舉行教會巡視，1567年頒布教會和修道院新規，1568年召開修道院會議。馬克西米連二世創建修道院參事院作為邦國教會管理機構，規定其任務是保護主教區、修道院和天主教會神甫的權利及財產。這一政策名義上是要保護天主教徒，實際上加強了諸侯對本邦教會的控制，其作用與路德教邦國教會體制基本一樣。
波希米亞邦國等級中有許多人屬於溫和派胡斯教徒，主張普通教徒在參加聖餐禮時酒餅同領。馬克西米連二世一方面批准波希米亞福音教徒在宗教實踐上享有自由；另一方面又支持耶穌會士在摩拉維亞的奧爾米茨（Olmütz）和布呂恩（Brünn）建立兩所學院，允許天主教在這些地區傳播。對于波希米亞兄弟會，馬克西米連二世重新頒布了一份舊法令，實行嚴厲鎮壓。這一做法受到波希米亞邦國等級的激烈反對，甚至有爆發新的宗教戰爭的危險。迫於壓力，馬克西米連二世在1575年的邦國等級會議上口頭承認了具有路德教特徵的教會條例《波希米亞信綱》（Confessio Bohemica）。在其他方面，馬克西米連二世也基本順應了波希米亞等級的要求，前提是，波希米亞等級必須選舉他的長子魯道夫（Rudolf，1552—1612）為國王。
在神聖羅馬帝國，馬克西米連二世同樣致力於籠絡福音教和天主教諸侯，維持和平局面。他既與天主教諸侯巴伐利亞公爵阿爾布雷希特五世關係密切，也與福音教集團的領導人如薩克森選侯莫里茨、奧古斯特（August，1526—1586）和符滕姆貝格公爵克里斯托夫（Christoph，1515—1568）保持友好往來。他順應帝國等級的願望，在1564年明確地提升了帝國等級會議的地位，使之高於帝國代表會議。他也在1566年頒布鑄幣條例，擴大了帝國行政區的功能。除此之外，馬克西米連二世還試圖消除僱傭兵制度的某些弊端，將帝國中央軍事力量置於皇帝控制之下，只是由於帝國等級的強烈反對，而不得不放棄。相比於以往舊條例，1570年的帝國警察條例毫無新意。馬克西米連二世主要依靠諸侯的支持，才使帝國秩序得以勉強維持。
馬克西米連二世繼續從事抵抗奧斯曼土耳其人的戰爭，並在1566年3月的奧格斯堡帝國等級會議上，獲得帝國等級的廣泛支持。但因缺乏軍事才能，他的戰爭未取得重大勝利，只是在1568年與蘇丹塞利姆二世（Selim II.，1524—1574）達成《亞德里安堡和約》（Friedenvon Adrianopel），確認維持領土現狀，以繼續向奧斯曼帝國蘇丹進貢的方式，換取了哈布斯堡王朝控制下的匈牙利王國西部和北部的和平。和約期限初為8年，以後又多次延長。此後，在長達20餘年的時間裡，邊境上的衝突雖然從未間斷，重大軍事行動卻未發生。
對於西班牙哈布斯堡家族國王在義大利侵蝕帝國采邑的行徑，馬克西米連二世深感不滿，但同費迪南一世一樣，他也沒有採取任何實際措施。馬克西米連二世反對教皇庇護四世（Pius V. ，1504—1572）嚴厲鎮壓異端、迫害胡格諾教徒的政策，教皇則在違背皇帝意願的情況下，將美第奇家族的科西莫一世（Cosimo I.deMedici，1519—1574）提升為大公，並使之疏遠了皇帝。馬克西米連二世也與托斯卡納大公發生了衝突，直到米蘭人重新承認對皇帝的封臣義務，爭鬥才得以平息。
馬克西米連二世繼續推行政治婚姻政策。他的女兒安娜嫁給西班牙國王腓力二世，成為他的第四任妻子。伊莉莎白嫁給了瓦盧瓦王朝的法國國王查理九世（Charles IX. ，1550—1574）。但其讓內奧地利大公卡爾二世與英國伊莉莎白結婚的計劃未能成功。
1571年，馬克西米連二世任命他的長子魯道夫為奧地利攝政，1572年又幫助他成為匈牙利國王，1575年成為波希米亞國王，同年被選舉為羅馬人國王。1576年10月12日，馬克西米連二世去世，魯道夫成為奧地利大公，稱魯道夫五世（Rudolf V. ，1576—1608年在位）和神聖羅馬帝國皇帝，稱魯道夫二世（Rudolf II.，1576—1612年在位）。
（三）魯道夫二世
魯道夫二世曾在西班牙宮廷度過八年時間，接受了嚴格的天主教耶穌會士教育和保守的傳統思想，雖然對人文主義和藝術創作興趣盎然，但也十分專橫、傲慢並且具有強烈的等級意識。在登基後的最初幾年，魯道夫二世對政治事務尚有較高的熱情，其判斷能力和統治意志都不同凡響。他停止了分割哈布斯堡家族世襲領地的做法，並於1578年成功地用金錢贖取了他的五個兄弟的遺產繼承權。他也以卡爾五世為榜樣，堅決捍衛帝國在西方基督教世界中的優先地位，強調皇帝對於尼德蘭和帝國屬義大利的權力。雖然堅守天主教信仰，支持羅馬教皇和耶穌會士的反宗教改革政策，但對在反宗教改革運動中政治上逐漸強大起來的教皇，卻不甘示弱，而是據理抗爭。他也不願向奧斯曼帝國妥協，頑固地認為他可以通過一次新十字軍東征，徹底戰勝伊斯蘭教國家，征服穆斯林。
然而，魯道夫二世更傾向於做一個學者而不是高居帝王之位。他學過好幾種語言，對當時盛行的各門藝術和科學都有所涉獵，熱衷於收集珍貴的繪畫和雕塑、植物學上的各種變種以及動物學標本。他在布拉格的山頂宮殿赫拉德辛（Hradschin）之中全神貫注於科學研究，與天文學家第谷·布拉赫（Tycho Brache，1546—1601）和約翰內斯·克卜勒（Johannes Kepler，1571—1630）等人過從甚密；後者曾將他們編制的「星群表」呈獻給他。魯道夫二世逐漸成為數學、物理、化學、天文學以及醫學上的專家，同時也精通冶金和占星術。他沒有太多時間治理政事，甚至無暇結婚。
1592年，奧斯曼土耳其人再度入侵匈牙利東南部。魯道夫二世最初還積極動員各方面力量進行抵抗，但在戰爭進行過程中，他的情緒變動劇烈，一會兒狂妄自大，一會兒又躊躇不決。此次戰爭持續了13年之久，成為一次名符其實的「漫長的戰爭」（langer Krieg）。龐大的戰爭經費開支，迫使魯道夫二世一再向帝國等級們乞援，並做出種種讓步，特別是在教派問題上，不得不委曲迎合。錯綜繁雜的政治和宗教事務使他心智衰竭，苦不堪言，逐漸陷入一種沉思的、抑鬱的孤獨之中，對身邊的人懷有極大的不信任，整日價擔心女巫和中毒，變本加厲地虐待下屬。他也力圖通過大量飲酒，逃避現實，擺脫紛擾。
1604年，匈牙利西本彪根信奉加爾文教的侯爵博奇卡伊·施蒂凡（Bocskai István，1557—1606）發動起義。次年，哈布斯堡家族其他有勢力的家庭成員逼迫魯道夫二世將管理匈牙利事務的權力交給了他的弟弟、時任下奧地利總督的馬蒂亞斯（Matthias，1557—1619）。1606年，馬蒂亞斯通過《維也納和約》（Frieden von Wien）平息了匈牙利貴族的起義，但也作出了保證匈牙利福音教徒享有宗教自由的許諾。同年，馬蒂亞斯又在作出巨大讓步的情況下，同土耳其人簽訂了《席特瓦特羅克和約》（Frieden von Zsitvatorok），奧斯曼帝國蘇丹繼續占有匈牙利大片土地，僅僅承認皇帝是具有同等地位的君主。
魯道夫二世不想就此罷休，甘拜下風，而是準備重新對土耳其人開戰。馬蒂亞斯在匈牙利貴族的支持下，將魯道夫二世軟禁在布拉格的城堡，並迫使他承認馬蒂亞斯為哈布斯堡家族的實際首腦，享有對奧地利、匈牙利和克羅埃西亞的統治權。魯道夫二世只保留了波希米亞王位和神聖羅馬帝國帝位。而在波希米亞，魯道夫二世也不得不順應福音教等級的要求，確保其宗教自由和其他一些重要特權。他在1609年發布的《陛下詔書》（Majesttsbriefe）後來成為波希米亞福音教等級反抗哈布斯堡家族統治的重要依據之一。
1608年，馬蒂亞斯當選為匈牙利國王，1609年又當選羅馬人國王。1611年，馬蒂亞斯率軍鎮壓波希米亞福音教徒起義，同年被加冕為波希米亞國王。魯道夫二世雖然仍為神聖羅馬帝國皇帝，但大勢已去，只是孤守赫拉德辛，借酒消愁。
1612年1月20日，魯道夫二世去世。6月13日，馬蒂亞斯繼位，成為奧地利大公及神聖羅馬帝國皇帝。同年，他將宮廷和政府機關從布拉格遷到維也納。
（四）馬蒂亞斯
馬蒂亞斯登上皇帝寶座時，已經55歲了，並且身患痛風等疾病。他將所有政務都委託給他的政治顧問、維也納—新城主教轄區行政長官梅爾希奧·克萊斯爾（Melchior Khlesl，1552—1630）處置。鑑於帝國內天主教徒和福音教徒之間的對立不斷升級，克萊斯爾一改先前積極推行的反宗教改革政策，採取了調解政策，力求通過協商，消除緊張局勢。但是各種妥協均受到極端天主教勢力的堅決反對，也沒有博得福音教徒的歡心。
1619年，馬蒂亞斯去世，他的堂弟、時任內奧地利總督、波希米亞國王和匈牙利國王的費迪南（Ferdinand，1578—1637）成為奧地利大公並當選為神聖羅馬帝國皇帝，稱作費迪南二世（Ferdinand II.，1619—1637年在位）。
（五）費迪南二世
費迪南二世出身於哈布斯堡家族內奧地利支系，但卻作為哈布斯堡家族唯一繼承人而成為奧地利大公。登基後，他接管了已經被魯道夫二世整合為一個統一體的奧地利，並在1621年以家族首領身份寫下遺囑，規定全部奧地利由長子繼承，同時宣布哈布斯堡家族的所有領地完整、不可分割。波希米亞戰爭爆發後，費迪南二世一度將上奧地利讓給皇弟利奧波德（Leopold，1619—1632）管轄。1635年，在身患重病之際，費迪南二世公布遺囑附言，再次強調家族領地不可分割。
費迪南二世自幼接受嚴格的耶穌會教育，長大後成為狂熱的天主教信徒，曾去羅馬朝聖，對宗教改革和福音教持極端敵對態度。他在1596年成為內奧地利大公，開始「按照復辟天主教的精神治理他的國家」，最初主要針對城市和鄉村普通居民，後來擴大到貴族階層。他命令貴族當中的福音教徒進行選擇，或者回到天主教，或者離開內奧地利。只有在自己的家中，貴族們才可以按其信仰行事。在內奧地利首府格拉茨（Graz），大量福音教作品被焚毀。農村中的福音教堂也慘遭摧毀。福音教布道士和學者如約翰內斯·克卜勒被驅逐出境。費迪南二世還通過促進教團生活的方式來推行重新天主教化政策。他在他的統治區域內創建了一系列嘉布遣修道院（cappuccino），也試圖在格拉茨設立一個主教區。不到幾年的功夫，他就在自己的轄區內將福音教剷除殆盡了。然而，許多富裕的福音教徒的遷移使本邦國的經濟受到了嚴重損害。
反對福音教的鬥爭是與建立君主制統治，消除等級的共同參與權同時進行的。費迪南二世曾經對施泰爾馬克等級說，他決不想要「溫和原則」（princeps modificatus），而是要「絕對原則」（princeps absolutus）。他把他的君主職務理解為君權神授，與那些信奉福音教的君主並無多大不同。他能夠為異教徒的改變信仰而流淚並且為他們祈禱，但同時卻在政治領域以暴力手段對付他們。
在匈牙利和波希米亞，費迪南二世也採取了同樣的反宗教改革和專制統治政策，但卻引起了福音教等級的堅決反對，對於三十年戰爭的爆
發負有重大責任。
三、邦國君主專制的濫觴
在宗教改革運動的衝擊下，神聖羅馬帝國越來越支離破碎，各邦國的獨立地位進一步加強。1555年的《奧格斯堡宗教和約》以轉讓宗教權的方式加速了邦國的國家化進程，其保障帝國等級自由的原則（libertaere Prinzip）在很大程度上排除了皇帝或帝國權力機構向諸侯施加壓力的可能性，為邦國發展更大的政治自主提供了新的空間。
與同一時期的西班牙國王腓力二世、英國國王伊莉莎白一世（Elizabeth I.，1533—1603）和法國國王亨利四世（Henri IV. ，1553—1610）一樣，神聖羅馬帝國的大邦諸侯，不管是福音教諸侯還是天主教諸侯，都開始在自己的轄區內加強中央集權，實行君主專制統治了。他們籠絡一批朝臣在身邊，讓幾個值得信任的顧問從政治上和法律上對一些重要決策提出建議。他們還精心打造由官員組成、由律師和其他專業人才充當工作人員的政府管理機構，通過章程、報告和合議體系（薩克森，1574；巴伐利亞，1582；布蘭登堡，1604），制定和貫徹各項具體行動方案。有些諸侯還不辭辛苦，事必親躬，自覺承擔起「上帝所賦予的」為其邦國和教會謀福利的責任，認為政府權力使他們對自己臣民的幸福和福利負有家長式關懷的保護職責，例如薩克森選侯奧古斯特（August，1553—1586）、符滕姆貝格公爵克里斯多福（Christoph，1515—1568）、不倫瑞克—沃爾芬比特爾侯爵尤里烏斯（Julius，1528—1589）、黑森—卡塞爾（Hessen-Kassel）邦國伯爵威廉四世（Wilhelm IV. ，1532—1592）、巴伐利亞公爵馬克西米連一世（Maximilian I.，1573—1651）、布蘭登堡選侯約翰·西吉斯蒙德（Johann Sigismund，1572—1619），都是比較英明的統治者，克己勤儉，治理有方。與之不同，例如普法爾茨選侯弗里德里希四世（Friedrich IV. ，1574—1610）、薩克森選侯克里斯蒂安二世（Christian II.，1583—1611）和約翰·格奧爾格一世（Johann Georg I.，1585—1656）卻不務正業，沉湎於打獵、酗酒。但這僅屬於個別現象。
邦國行政管理機構建設早在宗教改革以前就已經開始了，但發展成為等級式國家管理體系則完全是《奧格斯堡和約》與《威斯伐倫和約》之間一百年的事。大約從1570年起，到1630年，大多數邦國完成了組建中央政府工程，首次實現了控制、分層和分化等官僚政治原則。
早在16世紀初，「宮廷參事院」或「參事院」就兼具司法、行政管理和財政諸功能；當時，諸侯的所有顧問都隸屬於這類參事院。自16世紀中葉起，一些大邦開始在中央政府中設立獨立的三部門：首先是負責司法和行政管理事務的機構，其次是負責財政事務的機構（財務部），最後是負責向諸侯提供個人建議的機構（樞密院）。此外，還有專門負責教派事務的中央部門（稱「教會監理會」、「教區委員會」、「教會委員會」和「最高教會監事會」等）以及負責戰爭事務的中央部門（戰爭委員會）。教會委員會以邦國君主的名義實施從前的主教司法權，管轄教會和學校，處理家庭和婚姻問題。戰爭委員會出現得較晚，大都是1618年以後在戰爭期間形成的，也只出現在個別大邦之中，並非各邦均有建置。奧地利、巴伐利亞、布蘭登堡和特里爾選侯邦等大邦因為擁有比較強大的軍事力量，所以必須設立戰爭委員會以便更好地供養軍隊，參與國內外軍事行動。
對於這些管理部門來說，頗具典型意義的是個人負責與集體會商相結合的工作方式。先是由熟悉業務，具有專業知識的顧問提出處理意見，然後本部門人員開會集體討論，最後按多數決定原則表決通過。在所有較大的宮廷中，政府工作大都由諸侯信任的顧問來負責，因此，樞密院可謂邦國中央政府的中樞。在這裡，市民出身的法律專家占主導地位，新的官僚政治的合理化統治觀點也被引入政府和行政管理領域了。
宮廷參事院成員和司法部自16世紀中葉起便制訂了詳細的章程或條例，確立了辦案程序。受過法學和人文主義教育的官員們努力追求一種新的「功能理性主義」（funktionelle Rationalisierung），這一點也特別清楚地反映在章程之中。在這些章程中，有關官員紀律、監督檢查方法、文件整理存檔等事項，都得以明確規定。
機構的增加一方面是因為政府工作的增多，另一方面也是因為債務的增多。諸侯及其顧問們都在努力尋找有效的行政管理方式，以便開源節流，充實國庫。為了增加收入，各個邦國還致力於進行財政改革。但只有較大的邦國設立了專門機構。財政委員會作為邦國政府部門之一，主要負責國家金庫、修道院財產（捐獻）、關稅、通行費、礦山、水源、林場、封地、採鹽、採礦和木材貿易等事務。附帶稅收管理、酬金管理、宮廷管理和建築工程管理等工作。這樣一來，通過財政委員會，諸侯或者說邦國君主就可以對國家財產有全面的了解和掌控了。
儘管有的諸侯支持宗教改革，改信福音教，有的諸侯反對宗教改革，堅持舊信仰，但無論福音教諸侯還是舊教諸侯，都在自己的邦國內整頓了教會秩序，都試圖創立宗教統一，加強教派馴化，保護臣民免受不同宗教的影響。他們對於自己邦國內的教會的權力在下列公式中得到了示範性的表達：「世俗諸侯是邦國內的教皇」（Dux cliviae est Papa interritoriis suis）。
福音教諸侯通過交換土地、任命新主教等方法逐漸掌握了對邦國內教會的控制權。例如，1545年，薩克森選侯約翰·弗里德里希一世逼迫梅澤堡（Merseburg）主教管區教士團選舉薩克森的奧古斯特（後來繼位為薩克森選侯）為主教區的行政長官。1546年施馬爾卡爾登戰爭爆發，約翰·弗里德里希一世戰敗，梅澤堡重新為天主教主教所控制。1561年，已經成為薩克森選侯的奧古斯特利用主教逝世等機會，開始了進一步控制教會的計劃。在他授意下，他的年僅8歲的兒子亞歷山大被選為該教區的行政長官，梅澤堡主教區由此永久性地併入了薩克森邦國。諾姆堡也是如此。1542年，薩克森選侯遴選了一位福音教徒擔任主教，儘管在1547年卡爾五世勝利後被迫去職，但新任主教卻在1564年把主教區完全併入了薩克森選侯邦。1559年，邁森主教不得不用占自己領地一半的斯多本交換薩克森選侯邦的穆爾貝格區，而在穆爾貝格他只是一個地主，沒有領主權。1581年，邁森主教被迫離職，他在邁森擁有的其他領地也為薩克森選侯占有了。
不僅如此，一些諸侯還把原先主教管區和修道院的財產充作俗用，或者把它們併入王室財產然後再抵押給貴族，或者把它們置於特別行政機構之下，充作教會和學校基金，例如不倫瑞克—呂內堡女公爵伊莉莎白（Elisabeth，1510—1558）就把全部教會財產集中於一個為學校而設置的修道院財務處，而符滕姆貝格公爵克里斯托夫則創立了「公共教會錢庫」，並在1556年用從前的修道院財產為13所福音教神學院建立了附設學校。諸侯也通過教會的「官僚政治化」，把教會組織成了一個邦國統治機構，使之承擔諸侯的委託，如宣告詔書，進行統計調查等，廣泛地控制了家庭、學校和文化生活，對神職人員和一般教徒實行教派和社會的馴化。
仍然信奉天主教的諸侯，例如奧地利大公、巴伐利亞公爵、美因茨大主教以及奧格斯堡、富爾達、維爾茨堡等地的主教，則在自己的轄區內頒布反宗教改革諭令，致力於鞏固或恢復天主教信仰。與此同時，他們也接受了福音教徒的若干建議，大力整頓教士隊伍，擴大世俗當局對於教會的控制權，在監管教會財產、授予受俸神職、對教士課稅和司法審判等方面同教皇和主教進行鬥爭，並且大都取得了勝利。巴伐利亞公爵早在16世紀20年代就與因戈爾施塔特大學聯合成立了教會顧問團，代替主教監管教會。薩克森和布蘭登堡等地的天主教諸侯也使自己邦國內的主教管區隸屬於邦國，任命官員以邦國牧師身份管理教會。通過「邦國君主教會政體」，舊教諸侯的權力也大大增強了，為天主教邦國君主專制奠定了基礎。
1555年以後，天主教諸侯大都不再順從羅馬教皇管轄，他們同福音教諸侯一樣，也成為自己邦國中的教會的首領，在擴大政治統治權的同時，也攫取了宗教大權，只有個別主教如奧格斯堡主教奧托·特魯赫澤斯·馮·瓦爾德堡還繼續效忠羅馬。1580年以後，不少天主教主教附膺特倫托大公會議關於主教親自負責教牧工作的指令，致力於在自己管轄的郊區中推行宗教革新，以便以「天主教的改革」對抗福音教的傳播和滲透。但也有部分主教不思悔改，繼續沉湎於腐化墮落之中，以至於政務廢弛，債台高築，受到教皇嚴懲。如科倫大主教、巴伐利亞的恩斯特（Ernst von Bayern，1554—1612）就在1596年被羅馬教廷剝奪了科倫大主教堂的領導職務，只保留科倫大主教的頭銜。
邦國行政管理和司法審判系統也深入到了地方和村社共同體。邦國君主排斥已被編纂成法典的習慣法，編纂新的治安和稅收法規，直接委派官員管理地方事務。這就進一步削弱了地方貴族的勢力，極大地限制了地方貴族的任意妄為。為了增加收入，邦國君主也支持農民擴大穀物生產和池塘養殖，甚至站在農民一邊反對地主徵收高額地租（因為地主徵收的地租過高有損於邦國稅收）。然而各邦國之間的具體情形差異懸殊。在帝國東北部易北河以東地區的邦國中，地方貴族依然具有很大的政治影響力，農奴制依然普遍實行。
對於城市，大多數邦國君主都進一步加強了控制。他們通過任命市長、法律顧問和稅務長官，頒布新的城市條例和消防條例以及官定價格等手段，不斷干預城市內部事務，改變或者不認可舊的市民特權，限制或取消城市的自治權。他們還設立專門機構，審查市政委員會在宗教上的可靠性。在許多邦國城市裡，雖然舊有的市政委員會體制沒有被完全廢除，但整個城市的行政管理日益屈從於邦國君主的管轄。市政府轉變為邦國的行政管理機構，市民轉變為邦國君主的臣民，大部分在政治和經濟方面失去作用，小部分在社會和文化方面變得默默無聞。在教會邦城市中，主教也加強了統治。維爾茨堡的主教尤里烏斯·艾希特爾（Julius Echter）自負地稱市政官員為其「臣屬」，他本人則成了真正的「市長和市政官」。但為了促進城市經濟和採礦業的發展，部分邦國君主也能夠採取宗教寬容政策，承認城市居民的宗教自由。
這樣一來，諸侯基本上實現了他們致力於追求的國家建設目標。通過進一步完善的行政管理機構和一大批訓練有素的政府官員，諸侯不僅加強了自己的統治地位，而且開始採用新的君主專制政策，整合邦國領土，建立起了現代的稅收國家。
原則上說，邦國君主與邦國等級是「相輔相成的而不是相互對立的」，君主的統治與等級的參與相得益彰，其目的都是推動邦國的國家建設，使邦國成為持久的政治共同體。然而，隨著邦國官僚政治體系的逐漸加強和完善，也隨著中央集權統治的日益強化，邦國等級和邦國等級會議的地位不斷下降，農民和市民更是淪落為邦國君主的臣民，不得不承擔更多的捐稅，接受更嚴厲的監控，甚至完全喪失了傳統的權利和自由。而為了抵制地位下降，捍衛自己的權益，邦國等級，包括中小貴族、農民和市民，也經常提出抗議，甚至發動起義，致使在邦國的日常政治中，各種各樣的衝突大量存在，君主專制統治並不穩固，不少德意志邦國君主最終向邦國等級，特別是貴族，做出妥協，以至於像英國和法國那樣比較徹底的絕對主義統治從未在德國建立起來。
而面對諸侯強有力的國家建設，大批帝國伯爵和騎士深感恐慌。帝國伯爵和騎士勢單力孤，無法像諸侯那樣採用新的管理辦法，繼續停留在傳統的家長制統治方式上。只是在帝國西北部個別地方（如奧爾登堡），才有部分伯爵和騎士進行了類似於諸侯的邦國統治權建設。
為了加強自己的力量，避免被諸侯吞併的危險，它們不得不彼此協商，進行同等級聯盟。於是，在美因河（Main）、萊茵河、羅特哈爾山（Rothaargebirge）、福格爾斯貝格（Vorarlberg）、弗蘭肯和施瓦本等地，「伯爵聯合」（Grafenvereinen und-unionen）應運而生。它們對外宣示類似於諸侯邦國的國家主權，對內則實行官廳統治，但加盟者只關心在法律、治安和經濟方面的合作，一般不設共同的財政或稅收組織，這就使得聯合的效力大打折扣了。
騎士比伯爵更強烈地感受到諸侯因為分封關係而要把他們貶低為邦國附屬者的威脅，也更熱衷於進行同等級聯盟。自16世紀中期起，總共有15個騎士地方組織得以建立，除了一個例外，其餘14個騎士地方組織後來又被集結成為三個騎士區。自17世紀初起，騎士地方組織按照瑞士聯盟的模式，號稱「州」（Kantone）。弗蘭肯騎士建立了奧登瓦爾德、格比爾格（Gebirg）、勒恩—韋拉河（Rhn-Werra）、施泰格爾瓦爾德（Steigerwald）、阿爾特米爾河（Altmuehl）和鮑納赫（Baunach）等地方組織；萊茵河地區騎士也建立了多種聯盟。然而，騎士的仲裁法院，只能發揮相當有限的作用，建立萊茵、施瓦本和弗蘭肯騎士大聯合的計劃沒有實現。1575年，騎士們雖然在施韋比施格明德舉行過首次集會，但未能設立總理事會。騎士們只是保留著一般通訊會議，其負責人每次都由發出邀請的騎士擔任。費迪南一世和馬克西米連二世試圖按照帝國傳統對帝國騎士加以庇護，他們分別在1559、1561和1566年頒布法令，嚴禁邦國君主危害騎士的權力和財產。騎士因此得以加入帝國聯盟，但僅處邊緣地位。
帝國城市也深受諸侯的壓制。諸如哥廷根、費爾登（Verden）、黑爾福德（Herford）、多倫（Dueren）或沙夫豪森、巴塞爾、梅茨、蒂羅爾、凡爾登、但澤等帝國城市先後淪為邦國城市，不再直接隸屬於帝國。
而在1555年《奧格斯堡宗教和約》簽訂後，幾乎所有自由城市都改信路德教了，只有少數幾個帝國城市，例如菲德爾湖（Federsee）畔的布紹（Buchau）、普夫倫多夫、哈默爾斯巴赫（Hammersbach）附近的策爾（Zell）、羅斯海姆（Rosheim）和圖爾克海姆（Türkheim）等，沒有受到宗教改革的影響，而這幾個城市無論在經濟上還是在政治上，都是微不足道的。
但在城市居民和市政會中，教派混雜現象十分突出；福音教城市中天主教教徒依然存在，在天主教城市中也有大量福音教徒。《奧格斯堡宗教和約》沒有規定自由的帝國城市怎樣更換信仰，也就是說沒有明確規定帝國城市的宗教改革權。天主教徒和福音教徒一度和平共處，但隨著反宗教改革運動的深入發展，到1618年，有18個帝國城市改信了天主教，因為受到皇帝和天主教諸侯威脅而被迫改信天主教的帝國城市多瑙韋爾特和哈格瑙尚不在其內。有一些帝國城市擺脫了福音教和天主教平等的政策，轉而對異教不寬容，例如施特拉斯堡、亞琛、烏爾姆和陶伯爾河上游的羅滕堡（Rottenburg或Rothenburg）就採取了更嚴厲的不寬容的方針，信奉不同宗教者被解聘公職，甚至被驅逐出境，教派紛爭日益劇烈。
帝國城市可從帝國同盟、帝國等級會議和帝國法庭等機構那裡得到保護。1556—1557年以後，每年最多召開兩次的城市會議得以重組，它為帝國城市提供了一個協調政治利益的論壇。但為了避免像16世紀20年代那樣的激烈爭論出現，人們有意識地迴避討論宗教和教派問題。1582年，帝國城市在帝國等級會議中獲得了一個不太重要的表決權。它從屬於承辦帝國等級會議的城市（自1594年起一直是雷根斯堡）的理事會，並且理應代表著總共擁有51個席位的帝國城市的整體利益。帝國城市的51個席位又細分為萊茵席位（包括帝國北部和中部的帝國城市）和施瓦本席位（包括帝國南部的帝國城市），這種情況在一定程度上反映了帝國城市之間的利益分歧。自1586年起，天主教的奧格斯堡市政會因為在宗教信仰上與施瓦本城市不合而拒絕參加城市會議。1590年前後的奧格斯堡教派之爭更進一步地損害了帝國城市間的合作。帝國城市相互之間的聯盟關係從此不復存在了。
帝國城市相互之間沒有締結任何同盟，但它們分別依附於帝國諸侯領導下的宗教和政治同盟，例如蘭茨貝格（Landsberg）同盟、福音教聯盟和天主教同盟。但是，即使是參加了諸侯同盟，帝國城市也不贊成積極的外交和戰爭政策，因為每一場戰爭都只是加強了諸侯的力量，對於城市則意味著巨大的災難。