（二）中層管理機構及其運行機制

  各學院院長負責全院教學研究等事務，並代表學院與大學校長及其他部門、校外機構進行聯繫。法律沒有規定院長的產生辦法，戰後日本國立大學形成的慣例是，院長一般由教授會投票確定候選人，或由教授會提出2人以上的研究科長等為候選人，或者由校長及執行理事組成的選聘會議決定，最後由校長任命。在院長人選問題上，重點考察候選人是否具備勝任職位的能力。

  （1）大學運營會議或幹部會

  對於涉及大學整體的決策，過去一般是由各院長分別回歸本院聽取教授會意見，這不僅導致大學整體決策延遲，而且往往導致意見分散。因此，作為全校意見調整機構，設立大學運營會議、大學經營會議等組織，由校長、副校長、院長等管理層構成，集中討論全校意見，從而順利落實校長決策。院長則代表各學院陳述意見。校長在決定大學的中期目標意見、年度計劃、預算的編制、執行和決算、重要組織的設置和終結以及需要文部科學大臣認可或承認的事項等時，必須經幹部會討論。理事依據校長的決定，輔佐校長管理大學業務。在校長出現事故或缺席時，代替校長執行職務。

  （2）經營協議會

  經營協議會由校長、校長指名的理事及職員、具有寬廣見識的校外知名人士等組成，但校外人員需聽取教育研究評議會意見，並經校長任命。校長兼任經營協議會議長，並主持經營協議會。國立大學設立經營協議會，負責審議經營相關重要事項，包括中期目標相關意見、中期計劃及年度計劃中經營相關事項。審議大學章程（有關經營部分）、會計規程、幹部報酬及退職補貼的支付基準、職員工資及退職補貼支付基準及其他經營相關的重要規則制定和修改等事項。審議預算的編制、執行、決算相關事項；審議關於組織及運營情況相關的自我檢查和評價事項。

  （3）教育研究評議會

  國立大學設立教育研究評議會，負責審議國立大學教育研究相關重要事項。教育研究評議會由校長、校長指名的理事、由教育研究評議會決定的學院、研究生院、研究所等機構負責人，以及其他教育研究評議會決定並由校長指名的大學職員組成。此外，在設有主管教育研究副校長的情況下，該副校長（副校長為二人時，由校長指名）為評議員。校長兼任教育研究評議會議長，並主持評議會工作。

  

  教育研究評議會負責審議以下事項：中期目標、中期計劃、年度計劃等相關事項；大學章程（除國立大學經營部分外）及其他教育研究相關重要規定的制定或廢除；教師人事、教育課程編制方針等事項；支持學生順利完成學業相關幫助、指導及其援助事項；學生入學、畢業、課程修了及其他在籍相關方針、學位授予等事項；對教育研究現狀進行自我檢查和評價相關事項等。

  在國立大學具體管理過程中，雖然法律上對教育研究評議會和經營協議會的審議事項進行了明確分工，然而在實踐過程中，同一事項可能既涉及教育研究又涉及大學經營，難以簡單區分，可能被分別交由不同的機構進行審議。在具體落實時，又往往需要雙方密切配合。與教育研究評議會相比，經營協議會一般開會較少。因此，有關經營的重要事項，只能等待合適機會才能進行審議。國立大學法人法規定，經營協議會的校外委員必須占1/2以上，目的在於認真聽取校外意見。由於校外委員難以充分掌握大學相關信息，加之有時不能出現會議等，因此，實踐意義上的經營協議會往往以校內委員為中心。為真正反映校外委員意見，因此，對於大學治理來說，在選聘經營協議會委員和召開會議時間方面應該充分考慮。

  （4）監事

  監事負責監督國立大學業務，並依據文部科學省令規定，製作監察報告。監事可以隨時要求大學幹部及職員提交事物或事業報告，可以對國立大學法人的業務或財產狀況進行調查。國立大學依據法律規定向文部科學大臣提出的認可、承認、認定、申報等相關材料或報告書，監事必須對此進行調查。必要時，監事可以基於監察結果向校長或文部科學大臣提出意見。

  監事不僅僅是對財務和會計進行監事，而且要對教育研究和社會貢獻情況、校長選聘方法、大學內部決策系統等大學治理體制進行監督。為真正履行監事職能，監事必須確保出席重要會議，整備關於管理機構的資料提供、信息提供、內部檢查組織充實等支持體制，對於規模較大的大學，要儘量配置正常上班的監事。